Диабетическая ретинопатия является одним из наиболее тяжёлых осложнений сахарного диабета, проявляющегося в форме диабетической микроангиопатии, поражающей сосуды сетчатки и способной привести к полной необратимой потере зрения. Анализ обогащения набора генов (GSEA) - генетический аналитический подход, включающий в себя ранжирование) всех генов в соответствии со степенью проявления признака, по которому происходит анализ. Авторы статьи провели анализ генов, ассоциированных с риском развития диабетической ретинопатии методом GSEA.
Цель: Определить функционально родственные гены, связанные с риском развития диабетической ретинопатии (ДР), используя анализ обогащения набора генов (GSEA), примененного к метаанализам полногеномного поиска ассоциаций (GWAS).
Дизайн: Анализ метаанализов.
Методы: Был проведен анализ метаанализов по ДР типа GWAS, проводившихся на выборке из 3,246 европейцев и 2,611 афроамериканцев с сахарным диабетом 2 типа. Были исследованы наборы генов, ответственные за пять ключевых патогенетических процессов ДР: повреждение тканей, сосудистые нарушения, глиальную дисрегуляцию, нейронную дисфункцию и воспаление. Ключевые слова, относящиеся к этим процессам запрашивались 4 путями и онтологических базах данных. Применялись два метода GSEA, метаанализ обогащения набора генов вариационными ассоциациями (MAGENTA) и мульти маркерный анализ геномной аннотации (MAGMA). Наборы генов определялись как имеющие связь с ДР в том случае, если значение Р с поправкой на множественное тестирование (Pcorr) было равно <.05.
Результаты: Пять наборов генов были значительно обогащены для множественных умеренных генетических ассоциаций с ДР в одном методе (MAGENTA или MAGMA) и по меньшей мере были номинально значительны (некоррегированное P <.05) в другом. Данные наборы генов отвечают за катаболизм липидов (2-кратное обогащение, Pcorr = 0,014); биосинтез оксида азота (обогащение в 1,92 раза, Pcorr = 0,022); переваривание, мобилизацию и транспорт липидов (обогащение в 1,6 раза, P = 0,032); апоптоз (1,53-кратное обогащение, P = 0,041) и дегенерацию ганглиозных клеток сетчатки (2-кратное обогащение, Pcorr = 0,049). Ген интерферона гамма (иф-γ), по ранним результатам GWAS связанный с ДР-опосредованном взаимодействии белков, был среди наиболее высоко ранжированных генов, влияющих на биосинтез оксида азота (P=.0001).
Выводы: Проведенный анализ GSEA продемонстрировал, что варианты генов, участвующих в окислительном стрессе, транспорте липидов, катаболизме и клеточной дегенерации, обогащены генами, связанными с риском развития ДР.
Источник: https://www.ajo.com/article/S0002-9394(21)00336-6/fulltext
Источник: https://internist.ru/publications/detail/analiz-obogashcheniya-nabora-genov-pozvolyaet-identifitsirovat-patogeneticheskie-puti-svyazannye-s-g/
Цель: Определить функционально родственные гены, связанные с риском развития диабетической ретинопатии (ДР), используя анализ обогащения набора генов (GSEA), примененного к метаанализам полногеномного поиска ассоциаций (GWAS).
Дизайн: Анализ метаанализов.
Методы: Был проведен анализ метаанализов по ДР типа GWAS, проводившихся на выборке из 3,246 европейцев и 2,611 афроамериканцев с сахарным диабетом 2 типа. Были исследованы наборы генов, ответственные за пять ключевых патогенетических процессов ДР: повреждение тканей, сосудистые нарушения, глиальную дисрегуляцию, нейронную дисфункцию и воспаление. Ключевые слова, относящиеся к этим процессам запрашивались 4 путями и онтологических базах данных. Применялись два метода GSEA, метаанализ обогащения набора генов вариационными ассоциациями (MAGENTA) и мульти маркерный анализ геномной аннотации (MAGMA). Наборы генов определялись как имеющие связь с ДР в том случае, если значение Р с поправкой на множественное тестирование (Pcorr) было равно <.05.
Результаты: Пять наборов генов были значительно обогащены для множественных умеренных генетических ассоциаций с ДР в одном методе (MAGENTA или MAGMA) и по меньшей мере были номинально значительны (некоррегированное P <.05) в другом. Данные наборы генов отвечают за катаболизм липидов (2-кратное обогащение, Pcorr = 0,014); биосинтез оксида азота (обогащение в 1,92 раза, Pcorr = 0,022); переваривание, мобилизацию и транспорт липидов (обогащение в 1,6 раза, P = 0,032); апоптоз (1,53-кратное обогащение, P = 0,041) и дегенерацию ганглиозных клеток сетчатки (2-кратное обогащение, Pcorr = 0,049). Ген интерферона гамма (иф-γ), по ранним результатам GWAS связанный с ДР-опосредованном взаимодействии белков, был среди наиболее высоко ранжированных генов, влияющих на биосинтез оксида азота (P=.0001).
Выводы: Проведенный анализ GSEA продемонстрировал, что варианты генов, участвующих в окислительном стрессе, транспорте липидов, катаболизме и клеточной дегенерации, обогащены генами, связанными с риском развития ДР.
Источник: https://www.ajo.com/article/S0002-9394(21)00336-6/fulltext
Источник: https://internist.ru/publications/detail/analiz-obogashcheniya-nabora-genov-pozvolyaet-identifitsirovat-patogeneticheskie-puti-svyazannye-s-g/